Une truffe est un corps fructifère constitué d’un tissu maternel haploïde (un seul jeu de chromosome), d’un tissu ascogène diploïde (deux jeux de chromosomes) issu de la fusion des génomes haploïdes maternels et paternels et constituant le sporophyte, d’asques contenant des ascospores haploïdes.
Les mycorhizes sont haploïdes et proviennent du mycélium issu de la germination des ascospores. Ce sont des gamétophytes produisant des gamètes femelles (ascogones) et des gamètes mâles (anthérozoïdes).
La conjugaison entre gamètes mâles et femelles nécessite deux types compatibles MAT 1 et MAT-2 appelés en anglais mating types (types de conjugaison) et plusieurs étapes. Les jeunes plants truffiers commercialisés ont en moyenne 50% de mycorhizes de type MAT-1 et 50% de mycorhizes de type MAT-2.